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I identified a total of 34818712 reads mapping to 11866282 Unique genomic coordinates Making up 95769 groups Consisting of 123342 clusters Running PARalyzer v1.1 Parsing bowtie file(s)...nr 500000 chr ENSMUST00000068304 l18 e 4 nr 1000000 chr ENSMUST00000068304 l18 e 4 nr 1500000 chr ENSMUST00000125304 l18 e 4 nr 2000000 chr ENSMUST00000171164 l18 e 4 nr 2500000 chr ENSMUST00000155094 l18 e 4 nr 3000000 chr ENSMUST00000062264 l18 e 4 nr 3500000 chr ENSMUST00000004214 l18 e 4 nr 4000000 chr ENSMUST00000068584 l18 e 4 nr 4500000 chr ENSMUST00000169404 l18 e 4 nr 5000000 chr ENSMUST00000020264 l18 e 4 nr 5500000 chr ENSMUST00000149394 l18 e 4 nr 6000000 chr ENSMUST00000166934 l18 e 4 nr 6500000 chr ENSMUST00000102884 l18 e 4 nr 7000000 chr ENSMUST00000109094 l18 e 4 nr 7500000 chr ENSMUST00000054654 l18 e 4 nr 8000000 chr ENSMUST00000172194 l18 e 4 nr 8500000 chr ENSMUST00000107734 l18 e 4 nr 9000000 chr ENSMUST00000041684 l18 e 4 nr 9500000 chr ENSMUST00000168024 l18 e 4 nr 10000000 chr ENSMUST00000070174 l18 e 4 nr 10500000 chr ENSMUST00000109854 l18 e 4 nr 11000000 chr ENSMUST00000021854 l18 e 4 nr 11500000 chr ENSMUST00000004094 l18 e 4 nr 12000000 chr ENSMUST00000164484 l18 e 4 nr 12500000 chr ENSMUST00000067784 l18 e 4 nr 13000000 chr ENSMUST00000100314 l18 e 4 nr 13500000 chr ENSMUST00000089514 l18 e 4 nr 14000000 chr ENSMUST00000162194 l18 e 4 nr 14500000 chr ENSMUST00000089774 l18 e 4 nr 15000000 chr ENSMUST00000117994 l18 e 4 nr 15500000 chr ENSMUST00000042434 l18 e 4 nr 16000000 chr ENSMUST00000114574 l18 e 4 nr 16500000 chr ENSMUST00000173454 l18 e 4 nr 17000000 chr ENSMUST00000059844 l18 e 4 nr 17500000 chr ENSMUST00000095224 l18 e 4 nr 18000000 chr ENSMUST00000054984 l18 e 4 nr 18500000 chr ENSMUST00000026494 l18 e 4 nr 19000000 chr ENSMUST00000099564 l18 e 4 nr 19500000 chr ENSMUST00000091504 l18 e 4 nr 20000000 chr ENSMUST00000100194 l18 e 4 nr 20500000 chr ENSMUST00000154704 l18 e 4 nr 21000000 chr ENSMUST00000090614 l18 e 4 nr 21500000 chr ENSMUST00000005954 l18 e 4 nr 22000000 chr ENSMUST00000028914 l18 e 4 nr 22500000 chr ENSMUST00000038824 l18 e 4 nr 23000000 chr ENSMUST00000120484 l18 e 4 nr 23500000 chr ENSMUST00000038364 l18 e 4 nr 24000000 chr ENSMUST00000102694 l18 e 4 nr 24500000 chr ENSMUST00000128024 l18 e 4 nr 25000000 chr ENSMUST00000030134 l18 e 4 nr 25500000 chr ENSMUST00000030464 l18 e 4 nr 26000000 chr ENSMUST00000105964 l18 e 4 nr 26500000 chr ENSMUST00000039144 l18 e 4 nr 27000000 chr ENSMUST00000087864 l18 e 4 nr 27500000 chr ENSMUST00000165974 l18 e 4 nr 28000000 chr ENSMUST00000117564 l18 e 4 nr 28500000 chr ENSMUST00000059534 l18 e 4 nr 29000000 chr ENSMUST00000113204 l18 e 4 nr 29500000 chr ENSMUST00000116354 l18 e 4 nr 30000000 chr ENSMUST00000054594 l18 e 4 nr 30500000 chr ENSMUST00000061074 l18 e 4 nr 31000000 chr ENSMUST00000084424 l18 e 4 nr 31500000 chr ENSMUST00000168164 l18 e 4 nr 32000000 chr ENSMUST00000046904 l18 e 4 nr 32500000 chr ENSMUST00000046904 l18 e 4 nr 33000000 chr ENSMUST00000093454 l18 e 4 nr 33500000 chr ENSMUST00000034464 l18 e 4 nr 34000000 chr ENSMUST00000034774 l18 e 4 nr 34500000 chr ENSMUST00000167014 l18 e 4 nr 35000000 chr ENSMUST00000167014 l18 e 4 nr 35500000 chr ENSMUST00000010804 l18 e 4 nr 36000000 chr ENSMUST00000114354 l18 e 4 nr 36500000 chr ENSMUST00000081064 l18 e 4 Done Creating Read Groups & Clusters...Done Sorting Groups...Done Generating Output...Done! 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I identified a total of 34455135 reads mapping to 12270032 Unique genomic coordinates Making up 99657 groups Consisting of 127154 clusters Running PARalyzer v1.1 Parsing bowtie file(s)...nr 500000 chr ENSMUST00000044478 l18 e 8 nr 1000000 chr ENSMUST00000058748 l18 e 8 nr 1500000 chr ENSMUST00000116528 l18 e 8 nr 2000000 chr ENSMUST00000043338 l18 e 8 nr 2500000 chr ENSMUST00000045108 l18 e 8 nr 3000000 chr ENSMUST00000099858 l18 e 8 nr 3500000 chr ENSMUST00000062678 l18 e 8 nr 4000000 chr ENSMUST00000105288 l18 e 8 nr 4500000 chr ENSMUST00000132328 l18 e 8 nr 5000000 chr ENSMUST00000108858 l18 e 8 nr 5500000 chr ENSMUST00000126388 l18 e 8 nr 6000000 chr ENSMUST00000018478 l18 e 8 nr 6500000 chr ENSMUST00000147208 l18 e 8 nr 7000000 chr ENSMUST00000103028 l18 e 8 nr 7500000 chr ENSMUST00000167108 l18 e 8 nr 8000000 chr ENSMUST00000043208 l18 e 8 nr 8500000 chr ENSMUST00000021728 l18 e 8 nr 9000000 chr ENSMUST00000110128 l18 e 8 nr 9500000 chr ENSMUST00000150498 l18 e 8 nr 10000000 chr ENSMUST00000174038 l18 e 8 nr 10500000 chr ENSMUST00000111828 l18 e 8 nr 11000000 chr ENSMUST00000160758 l18 e 8 nr 11500000 chr ENSMUST00000067048 l18 e 8 nr 12000000 chr ENSMUST00000073418 l18 e 8 nr 12500000 chr ENSMUST00000023758 l18 e 8 nr 13000000 chr ENSMUST00000078988 l18 e 8 nr 13500000 chr ENSMUST00000023628 l18 e 8 nr 14000000 chr ENSMUST00000024958 l18 e 8 nr 14500000 chr ENSMUST00000168318 l18 e 8 nr 15000000 chr ENSMUST00000065758 l18 e 8 nr 15500000 chr ENSMUST00000148078 l18 e 8 nr 16000000 chr ENSMUST00000037678 l18 e 8 nr 16500000 chr ENSMUST00000025968 l18 e 8 nr 17000000 chr ENSMUST00000148748 l18 e 8 nr 17500000 chr ENSMUST00000039138 l18 e 8 nr 18000000 chr ENSMUST00000005218 l18 e 8 nr 18500000 chr ENSMUST00000110538 l18 e 8 nr 19000000 chr ENSMUST00000109558 l18 e 8 nr 19500000 chr ENSMUST00000173848 l18 e 8 nr 20000000 chr ENSMUST00000107618 l18 e 8 nr 20500000 chr ENSMUST00000145558 l18 e 8 nr 21000000 chr ENSMUST00000037198 l18 e 8 nr 21500000 chr ENSMUST00000095038 l18 e 8 nr 22000000 chr ENSMUST00000102798 l18 e 8 nr 22500000 chr ENSMUST00000102598 l18 e 8 nr 23000000 chr ENSMUST00000118648 l18 e 8 nr 23500000 chr ENSMUST00000114158 l18 e 8 nr 24000000 chr ENSMUST00000161148 l18 e 8 nr 24500000 chr ENSMUST00000165148 l18 e 8 nr 25000000 chr ENSMUST00000037048 l18 e 8 nr 25500000 chr ENSMUST00000026698 l18 e 8 nr 26000000 chr ENSMUST00000101118 l18 e 8 nr 26500000 chr ENSMUST00000058358 l18 e 8 nr 27000000 chr ENSMUST00000012798 l18 e 8 nr 27500000 chr ENSMUST00000106998 l18 e 8 nr 28000000 chr ENSMUST00000106208 l18 e 8 nr 28500000 chr ENSMUST00000038498 l18 e 8 nr 29000000 chr ENSMUST00000162538 l18 e 8 nr 29500000 chr ENSMUST00000053078 l18 e 8 nr 30000000 chr ENSMUST00000165088 l18 e 8 nr 30500000 chr ENSMUST00000112558 l18 e 8 nr 31000000 chr ENSMUST00000115528 l18 e 8 nr 31500000 chr ENSMUST00000118878 l18 e 8 Done Creating Read Groups & Clusters...Done Sorting Groups...Done Generating Output...Done! 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I identified a total of 33952735 reads mapping to 12209987 Unique genomic coordinates Making up 99227 groups Consisting of 126531 clusters