Running PARalyzer v1.1 Parsing bowtie file(s)...nr 500000 chr ENSMUST00000174120 l18 e 0 nr 1000000 chr ENSMUST00000160810 l18 e 0 nr 1500000 chr ENSMUST00000112030 l18 e 0 nr 2000000 chr ENSMUST00000111440 l18 e 0 nr 2500000 chr ENSMUST00000019930 l18 e 0 nr 3000000 chr ENSMUST00000121820 l18 e 0 nr 3500000 chr ENSMUST00000040110 l18 e 0 nr 4000000 chr ENSMUST00000095310 l18 e 0 nr 4500000 chr ENSMUST00000026500 l18 e 0 nr 5000000 chr ENSMUST00000065970 l18 e 0 nr 5500000 chr ENSMUST00000082430 l18 e 0 nr 6000000 chr ENSMUST00000151780 l18 e 0 nr 6500000 chr ENSMUST00000017520 l18 e 0 nr 7000000 chr ENSMUST00000150490 l18 e 0 nr 7500000 chr ENSMUST00000138750 l18 e 0 nr 8000000 chr ENSMUST00000044850 l18 e 0 nr 8500000 chr ENSMUST00000155480 l18 e 0 nr 9000000 chr ENSMUST00000004910 l18 e 0 nr 9500000 chr ENSMUST00000165220 l18 e 0 nr 10000000 chr ENSMUST00000099490 l18 e 0 nr 10500000 chr ENSMUST00000022030 l18 e 0 nr 11000000 chr ENSMUST00000016110 l18 e 0 nr 11500000 chr ENSMUST00000100420 l18 e 0 nr 12000000 chr ENSMUST00000100670 l18 e 0 nr 12500000 chr ENSMUST00000166030 l18 e 0 nr 13000000 chr ENSMUST00000150790 l18 e 0 nr 13500000 chr ENSMUST00000115140 l18 e 0 nr 14000000 chr ENSMUST00000113910 l18 e 0 nr 14500000 chr ENSMUST00000002360 l18 e 0 nr 15000000 chr ENSMUST00000025000 l18 e 0 nr 15500000 chr ENSMUST00000163440 l18 e 0 nr 16000000 chr ENSMUST00000025420 l18 e 0 nr 16500000 chr ENSMUST00000052380 l18 e 0 nr 17000000 chr ENSMUST00000028080 l18 e 0 nr 17500000 chr ENSMUST00000113310 l18 e 0 nr 18000000 chr ENSMUST00000126610 l18 e 0 nr 18500000 chr ENSMUST00000126610 l18 e 0 nr 19000000 chr ENSMUST00000102680 l18 e 0 nr 19500000 chr ENSMUST00000111290 l18 e 0 nr 20000000 chr ENSMUST00000168530 l18 e 0 nr 20500000 chr ENSMUST00000173720 l18 e 0 nr 21000000 chr ENSMUST00000099090 l18 e 0 nr 21500000 chr ENSMUST00000102620 l18 e 0 nr 22000000 chr ENSMUST00000084770 l18 e 0 nr 22500000 chr ENSMUST00000052420 l18 e 0 nr 23000000 chr ENSMUST00000107350 l18 e 0 nr 23500000 chr ENSMUST00000030490 l18 e 0 nr 24000000 chr ENSMUST00000047720 l18 e 0 nr 24500000 chr ENSMUST00000114300 l18 e 0 nr 25000000 chr ENSMUST00000169390 l18 e 0 nr 25500000 chr ENSMUST00000049040 l18 e 0 nr 26000000 chr ENSMUST00000170350 l18 e 0 nr 26500000 chr ENSMUST00000167470 l18 e 0 nr 27000000 chr ENSMUST00000095440 l18 e 0 nr 27500000 chr ENSMUST00000006470 l18 e 0 nr 28000000 chr ENSMUST00000085240 l18 e 0 nr 28500000 chr ENSMUST00000038650 l18 e 0 nr 29000000 chr ENSMUST00000084390 l18 e 0 nr 29500000 chr ENSMUST00000099070 l18 e 0 nr 30000000 chr ENSMUST00000034370 l18 e 0 nr 30500000 chr ENSMUST00000048670 l18 e 0 nr 31000000 chr ENSMUST00000071750 l18 e 0 nr 31500000 chr ENSMUST00000120420 l18 e 0 nr 32000000 chr ENSMUST00000156390 l18 e 0 nr 32500000 chr ENSMUST00000112740 l18 e 0 Done Creating Read Groups & Clusters...Done Sorting Groups...Done Generating Output...Done! I identified a total of 32629466 reads mapping to 11530492 Unique genomic coordinates Making up 82903 groups Consisting of 127772 clusters Running PARalyzer v1.1 Parsing bowtie file(s)...nr 500000 chr ENSMUST00000163061 l18 e 1 nr 1000000 chr ENSMUST00000079721 l18 e 1 nr 1500000 chr ENSMUST00000119891 l18 e 1 nr 2000000 chr ENSMUST00000110841 l18 e 1 nr 2500000 chr ENSMUST00000105511 l18 e 1 nr 3000000 chr ENSMUST00000170771 l18 e 1 nr 3500000 chr ENSMUST00000170771 l18 e 1 nr 4000000 chr ENSMUST00000163761 l18 e 1 nr 4500000 chr ENSMUST00000105401 l18 e 1 nr 5000000 chr ENSMUST00000077871 l18 e 1 nr 5500000 chr ENSMUST00000041231 l18 e 1 nr 6000000 chr ENSMUST00000116371 l18 e 1 nr 6500000 chr ENSMUST00000065211 l18 e 1 nr 7000000 chr ENSMUST00000049241 l18 e 1 nr 7500000 chr ENSMUST00000145331 l18 e 1 nr 8000000 chr ENSMUST00000037811 l18 e 1 nr 8500000 chr ENSMUST00000110461 l18 e 1 nr 9000000 chr ENSMUST00000109891 l18 e 1 nr 9500000 chr ENSMUST00000021791 l18 e 1 nr 10000000 chr ENSMUST00000167271 l18 e 1 nr 10500000 chr ENSMUST00000022451 l18 e 1 nr 11000000 chr ENSMUST00000022601 l18 e 1 nr 11500000 chr ENSMUST00000089681 l18 e 1 nr 12000000 chr ENSMUST00000023741 l18 e 1 nr 12500000 chr ENSMUST00000174171 l18 e 1 nr 13000000 chr ENSMUST00000164411 l18 e 1 nr 13500000 chr ENSMUST00000171691 l18 e 1 nr 14000000 chr ENSMUST00000172571 l18 e 1 nr 14500000 chr ENSMUST00000112571 l18 e 1 nr 15000000 chr ENSMUST00000120161 l18 e 1 nr 15500000 chr ENSMUST00000126781 l18 e 1 nr 16000000 chr ENSMUST00000172791 l18 e 1 nr 16500000 chr ENSMUST00000075301 l18 e 1 nr 17000000 chr ENSMUST00000168621 l18 e 1 nr 17500000 chr ENSMUST00000055241 l18 e 1 nr 18000000 chr ENSMUST00000028981 l18 e 1 nr 18500000 chr ENSMUST00000015791 l18 e 1 nr 19000000 chr ENSMUST00000107951 l18 e 1 nr 19500000 chr ENSMUST00000106751 l18 e 1 nr 20000000 chr ENSMUST00000042221 l18 e 1 nr 20500000 chr ENSMUST00000097961 l18 e 1 nr 21000000 chr ENSMUST00000105991 l18 e 1 nr 21500000 chr ENSMUST00000084191 l18 e 1 nr 22000000 chr ENSMUST00000001611 l18 e 1 nr 22500000 chr ENSMUST00000014421 l18 e 1 nr 23000000 chr ENSMUST00000044441 l18 e 1 nr 23500000 chr ENSMUST00000049251 l18 e 1 nr 24000000 chr ENSMUST00000101171 l18 e 1 nr 24500000 chr ENSMUST00000071671 l18 e 1 nr 25000000 chr ENSMUST00000167851 l18 e 1 nr 25500000 chr ENSMUST00000133771 l18 e 1 nr 26000000 chr ENSMUST00000032781 l18 e 1 nr 26500000 chr ENSMUST00000033241 l18 e 1 nr 27000000 chr ENSMUST00000057561 l18 e 1 nr 27500000 chr ENSMUST00000034171 l18 e 1 nr 28000000 chr ENSMUST00000034591 l18 e 1 nr 28500000 chr ENSMUST00000044551 l18 e 1 nr 29000000 chr ENSMUST00000023931 l18 e 1 nr 29500000 chr ENSMUST00000113631 l18 e 1 Done Creating Read Groups & Clusters...Done Sorting Groups...Done Generating Output...Done! I identified a total of 29901111 reads mapping to 11420947 Unique genomic coordinates Making up 82301 groups Consisting of 126556 clusters Running PARalyzer v1.1 Parsing bowtie file(s)...nr 500000 chr ENSMUST00000161122 l18 e 2 nr 1000000 chr ENSMUST00000172232 l18 e 2 nr 1500000 chr ENSMUST00000112442 l18 e 2 nr 2000000 chr ENSMUST00000085992 l18 e 2 nr 2500000 chr ENSMUST00000097442 l18 e 2 nr 3000000 chr ENSMUST00000019992 l18 e 2 nr 3500000 chr ENSMUST00000131422 l18 e 2 nr 4000000 chr ENSMUST00000173042 l18 e 2 nr 4500000 chr ENSMUST00000092292 l18 e 2 nr 5000000 chr ENSMUST00000060782 l18 e 2 nr 5500000 chr ENSMUST00000109412 l18 e 2 nr 6000000 chr ENSMUST00000126522 l18 e 2 nr 6500000 chr ENSMUST00000021142 l18 e 2 nr 7000000 chr ENSMUST00000000122 l18 e 2 nr 7500000 chr ENSMUST00000106742 l18 e 2 nr 8000000 chr ENSMUST00000020982 l18 e 2 nr 8500000 chr ENSMUST00000110272 l18 e 2 nr 9000000 chr ENSMUST00000021772 l18 e 2 nr 9500000 chr ENSMUST00000005722 l18 e 2 nr 10000000 chr ENSMUST00000143472 l18 e 2 nr 10500000 chr ENSMUST00000022612 l18 e 2 nr 11000000 chr ENSMUST00000036782 l18 e 2 nr 11500000 chr ENSMUST00000128352 l18 e 2 nr 12000000 chr ENSMUST00000090062 l18 e 2 nr 12500000 chr ENSMUST00000114292 l18 e 2 nr 13000000 chr ENSMUST00000167152 l18 e 2 nr 13500000 chr ENSMUST00000097352 l18 e 2 nr 14000000 chr ENSMUST00000097352 l18 e 2 nr 14500000 chr ENSMUST00000113262 l18 e 2 nr 15000000 chr ENSMUST00000115692 l18 e 2 nr 15500000 chr ENSMUST00000115692 l18 e 2 nr 16000000 chr ENSMUST00000042852 l18 e 2 nr 16500000 chr ENSMUST00000112602 l18 e 2 nr 17000000 chr ENSMUST00000017562 l18 e 2 nr 17500000 chr ENSMUST00000113242 l18 e 2 nr 18000000 chr ENSMUST00000111882 l18 e 2 nr 18500000 chr ENSMUST00000099542 l18 e 2 nr 19000000 chr ENSMUST00000118002 l18 e 2 nr 19500000 chr ENSMUST00000049412 l18 e 2 nr 20000000 chr ENSMUST00000002502 l18 e 2 nr 20500000 chr ENSMUST00000066882 l18 e 2 nr 21000000 chr ENSMUST00000050342 l18 e 2 nr 21500000 chr ENSMUST00000162642 l18 e 2 nr 22000000 chr ENSMUST00000050872 l18 e 2 nr 22500000 chr ENSMUST00000106142 l18 e 2 nr 23000000 chr ENSMUST00000168552 l18 e 2 nr 23500000 chr ENSMUST00000121042 l18 e 2 nr 24000000 chr ENSMUST00000159592 l18 e 2 nr 24500000 chr ENSMUST00000031732 l18 e 2 nr 25000000 chr ENSMUST00000050412 l18 e 2 nr 25500000 chr ENSMUST00000079012 l18 e 2 nr 26000000 chr ENSMUST00000112132 l18 e 2 nr 26500000 chr ENSMUST00000138392 l18 e 2 nr 27000000 chr ENSMUST00000108192 l18 e 2 nr 27500000 chr ENSMUST00000107882 l18 e 2 nr 28000000 chr ENSMUST00000123372 l18 e 2 nr 28500000 chr ENSMUST00000097982 l18 e 2 nr 29000000 chr ENSMUST00000072482 l18 e 2 nr 29500000 chr ENSMUST00000056972 l18 e 2 nr 30000000 chr ENSMUST00000169372 l18 e 2 nr 30500000 chr ENSMUST00000039662 l18 e 2 nr 31000000 chr ENSMUST00000115512 l18 e 2 nr 31500000 chr ENSMUST00000087632 l18 e 2 Done Creating Read Groups & Clusters...Done Sorting Groups...Done Generating Output...Done! I identified a total of 31757864 reads mapping to 11381893 Unique genomic coordinates Making up 81387 groups Consisting of 125507 clusters Running PARalyzer v1.1 Parsing bowtie file(s)...nr 500000 chr ENSMUST00000046673 l18 e 3 nr 1000000 chr ENSMUST00000168783 l18 e 3 nr 1500000 chr ENSMUST00000041023 l18 e 3 nr 2000000 chr ENSMUST00000094523 l18 e 3 nr 2500000 chr ENSMUST00000046743 l18 e 3 nr 3000000 chr ENSMUST00000065573 l18 e 3 nr 3500000 chr ENSMUST00000019913 l18 e 3 nr 4000000 chr ENSMUST00000019913 l18 e 3 nr 4500000 chr ENSMUST00000019913 l18 e 3 nr 5000000 chr ENSMUST00000020263 l18 e 3 nr 5500000 chr ENSMUST00000062883 l18 e 3 nr 6000000 chr ENSMUST00000046513 l18 e 3 nr 6500000 chr ENSMUST00000079773 l18 e 3 nr 7000000 chr ENSMUST00000119093 l18 e 3 nr 7500000 chr ENSMUST00000066283 l18 e 3 nr 8000000 chr ENSMUST00000046903 l18 e 3 nr 8500000 chr ENSMUST00000128483 l18 e 3 nr 9000000 chr ENSMUST00000128483 l18 e 3 nr 9500000 chr ENSMUST00000128483 l18 e 3 nr 10000000 chr ENSMUST00000128483 l18 e 3 nr 10500000 chr ENSMUST00000128483 l18 e 3 nr 11000000 chr ENSMUST00000128483 l18 e 3 nr 11500000 chr ENSMUST00000128483 l18 e 3 nr 12000000 chr ENSMUST00000061293 l18 e 3 nr 12500000 chr ENSMUST00000021283 l18 e 3 nr 13000000 chr ENSMUST00000172773 l18 e 3 nr 13500000 chr ENSMUST00000103143 l18 e 3 nr 14000000 chr ENSMUST00000141943 l18 e 3 nr 14500000 chr ENSMUST00000001253 l18 e 3 nr 15000000 chr ENSMUST00000101313 l18 e 3 nr 15500000 chr ENSMUST00000168193 l18 e 3 nr 16000000 chr ENSMUST00000109923 l18 e 3 nr 16500000 chr ENSMUST00000167553 l18 e 3 nr 17000000 chr ENSMUST00000166743 l18 e 3 nr 17500000 chr ENSMUST00000022693 l18 e 3 nr 18000000 chr ENSMUST00000096433 l18 e 3 nr 18500000 chr ENSMUST00000078953 l18 e 3 nr 19000000 chr ENSMUST00000115463 l18 e 3 nr 19500000 chr ENSMUST00000046663 l18 e 3 nr 20000000 chr ENSMUST00000154293 l18 e 3 nr 20500000 chr ENSMUST00000114033 l18 e 3 nr 21000000 chr ENSMUST00000061703 l18 e 3 nr 21500000 chr ENSMUST00000066193 l18 e 3 nr 22000000 chr ENSMUST00000066193 l18 e 3 nr 22500000 chr ENSMUST00000096253 l18 e 3 nr 23000000 chr ENSMUST00000096053 l18 e 3 nr 23500000 chr ENSMUST00000028293 l18 e 3 nr 24000000 chr ENSMUST00000028103 l18 e 3 nr 24500000 chr ENSMUST00000041593 l18 e 3 nr 25000000 chr ENSMUST00000002063 l18 e 3 nr 25500000 chr ENSMUST00000028863 l18 e 3 nr 26000000 chr ENSMUST00000109443 l18 e 3 nr 26500000 chr ENSMUST00000138563 l18 e 3 nr 27000000 chr ENSMUST00000107233 l18 e 3 nr 27500000 chr ENSMUST00000106723 l18 e 3 nr 28000000 chr ENSMUST00000098233 l18 e 3 nr 28500000 chr ENSMUST00000044673 l18 e 3 nr 29000000 chr ENSMUST00000106713 l18 e 3 nr 29500000 chr ENSMUST00000049583 l18 e 3 nr 30000000 chr ENSMUST00000014673 l18 e 3 nr 30500000 chr ENSMUST00000013693 l18 e 3 nr 31000000 chr ENSMUST00000053913 l18 e 3 nr 31500000 chr ENSMUST00000053253 l18 e 3 nr 32000000 chr ENSMUST00000094463 l18 e 3 nr 32500000 chr ENSMUST00000153823 l18 e 3 nr 33000000 chr ENSMUST00000103273 l18 e 3 nr 33500000 chr ENSMUST00000101033 l18 e 3 nr 34000000 chr ENSMUST00000045543 l18 e 3 nr 34500000 chr ENSMUST00000108193 l18 e 3 nr 35000000 chr ENSMUST00000122423 l18 e 3 nr 35500000 chr ENSMUST00000107453 l18 e 3 nr 36000000 chr ENSMUST00000047393 l18 e 3 nr 36500000 chr ENSMUST00000121493 l18 e 3 nr 37000000 chr ENSMUST00000120493 l18 e 3 nr 37500000 chr ENSMUST00000120493 l18 e 3 nr 38000000 chr ENSMUST00000120493 l18 e 3 nr 38500000 chr ENSMUST00000120493 l18 e 3 nr 39000000 chr ENSMUST00000120493 l18 e 3 nr 39500000 chr ENSMUST00000162073 l18 e 3 nr 40000000 chr ENSMUST00000166103 l18 e 3 nr 40500000 chr ENSMUST00000067763 l18 e 3 nr 41000000 chr ENSMUST00000112233 l18 e 3 Done Creating Read Groups & Clusters...Done Sorting Groups...Done Generating Output...Done! I identified a total of 41020382 reads mapping to 11200864 Unique genomic coordinates Making up 79510 groups Consisting of 123314 clusters Running PARalyzer v1.1 Parsing bowtie file(s)...nr 500000 chr ENSMUST00000120904 l18 e 4 nr 1000000 chr ENSMUST00000113444 l18 e 4 nr 1500000 chr ENSMUST00000164084 l18 e 4 nr 2000000 chr ENSMUST00000097514 l18 e 4 nr 2500000 chr ENSMUST00000110844 l18 e 4 nr 3000000 chr ENSMUST00000105464 l18 e 4 nr 3500000 chr ENSMUST00000044844 l18 e 4 nr 4000000 chr ENSMUST00000105244 l18 e 4 nr 4500000 chr ENSMUST00000163704 l18 e 4 nr 5000000 chr ENSMUST00000035854 l18 e 4 nr 5500000 chr ENSMUST00000102504 l18 e 4 nr 6000000 chr ENSMUST00000103154 l18 e 4 nr 6500000 chr ENSMUST00000103064 l18 e 4 nr 7000000 chr ENSMUST00000111154 l18 e 4 nr 7500000 chr ENSMUST00000171514 l18 e 4 nr 8000000 chr ENSMUST00000021574 l18 e 4 nr 8500000 chr ENSMUST00000021944 l18 e 4 nr 9000000 chr ENSMUST00000054274 l18 e 4 nr 9500000 chr ENSMUST00000022504 l18 e 4 nr 10000000 chr ENSMUST00000022694 l18 e 4 nr 10500000 chr ENSMUST00000043414 l18 e 4 nr 11000000 chr ENSMUST00000031914 l18 e 4 nr 11500000 chr ENSMUST00000100024 l18 e 4 nr 12000000 chr ENSMUST00000170464 l18 e 4 nr 12500000 chr ENSMUST00000079594 l18 e 4 nr 13000000 chr ENSMUST00000097324 l18 e 4 nr 13500000 chr ENSMUST00000170014 l18 e 4 nr 14000000 chr ENSMUST00000025354 l18 e 4 nr 14500000 chr ENSMUST00000047704 l18 e 4 nr 15000000 chr ENSMUST00000026924 l18 e 4 nr 15500000 chr ENSMUST00000171404 l18 e 4 nr 16000000 chr ENSMUST00000154764 l18 e 4 nr 16500000 chr ENSMUST00000143764 l18 e 4 nr 17000000 chr ENSMUST00000154604 l18 e 4 nr 17500000 chr ENSMUST00000028964 l18 e 4 nr 18000000 chr ENSMUST00000149964 l18 e 4 nr 18500000 chr ENSMUST00000029374 l18 e 4 nr 19000000 chr ENSMUST00000029454 l18 e 4 nr 19500000 chr ENSMUST00000108304 l18 e 4 nr 20000000 chr ENSMUST00000102834 l18 e 4 nr 20500000 chr ENSMUST00000106224 l18 e 4 nr 21000000 chr ENSMUST00000105744 l18 e 4 nr 21500000 chr ENSMUST00000114774 l18 e 4 nr 22000000 chr ENSMUST00000031364 l18 e 4 nr 22500000 chr ENSMUST00000111144 l18 e 4 nr 23000000 chr ENSMUST00000101614 l18 e 4 nr 23500000 chr ENSMUST00000089334 l18 e 4 nr 24000000 chr ENSMUST00000130664 l18 e 4 nr 24500000 chr ENSMUST00000149654 l18 e 4 nr 25000000 chr ENSMUST00000121494 l18 e 4 nr 25500000 chr ENSMUST00000130414 l18 e 4 nr 26000000 chr ENSMUST00000082104 l18 e 4 nr 26500000 chr ENSMUST00000109614 l18 e 4 nr 27000000 chr ENSMUST00000001384 l18 e 4 nr 27500000 chr ENSMUST00000167014 l18 e 4 nr 28000000 chr ENSMUST00000120734 l18 e 4 nr 28500000 chr ENSMUST00000002084 l18 e 4 nr 29000000 chr ENSMUST00000081834 l18 e 4 Done Creating Read Groups & Clusters...Done Sorting Groups...Done Generating Output...Done! I identified a total of 29240710 reads mapping to 11592841 Unique genomic coordinates Making up 82866 groups Consisting of 128045 clusters Running PARalyzer v1.1 Parsing bowtie file(s)...nr 500000 chr ENSMUST00000046875 l18 e 5 nr 1000000 chr ENSMUST00000065425 l18 e 5 nr 1500000 chr ENSMUST00000043725 l18 e 5 nr 2000000 chr ENSMUST00000028035 l18 e 5 nr 2500000 chr ENSMUST00000164555 l18 e 5 nr 3000000 chr ENSMUST00000050455 l18 e 5 nr 3500000 chr ENSMUST00000035775 l18 e 5 nr 4000000 chr ENSMUST00000170935 l18 e 5 nr 4500000 chr ENSMUST00000102845 l18 e 5 nr 5000000 chr ENSMUST00000172035 l18 e 5 nr 5500000 chr ENSMUST00000108675 l18 e 5 nr 6000000 chr ENSMUST00000021195 l18 e 5 nr 6500000 chr ENSMUST00000100745 l18 e 5 nr 7000000 chr ENSMUST00000064145 l18 e 5 nr 7500000 chr ENSMUST00000166405 l18 e 5 nr 8000000 chr ENSMUST00000045365 l18 e 5 nr 8500000 chr ENSMUST00000020985 l18 e 5 nr 9000000 chr ENSMUST00000162735 l18 e 5 nr 9500000 chr ENSMUST00000036105 l18 e 5 nr 10000000 chr ENSMUST00000022185 l18 e 5 nr 10500000 chr ENSMUST00000112095 l18 e 5 nr 11000000 chr ENSMUST00000048615 l18 e 5 nr 11500000 chr ENSMUST00000022725 l18 e 5 nr 12000000 chr ENSMUST00000163495 l18 e 5 nr 12500000 chr ENSMUST00000047835 l18 e 5 nr 13000000 chr ENSMUST00000077605 l18 e 5 nr 13500000 chr ENSMUST00000113975 l18 e 5 nr 14000000 chr ENSMUST00000089015 l18 e 5 nr 14500000 chr ENSMUST00000004985 l18 e 5 nr 15000000 chr ENSMUST00000129635 l18 e 5 nr 15500000 chr ENSMUST00000039205 l18 e 5 nr 16000000 chr ENSMUST00000115735 l18 e 5 nr 16500000 chr ENSMUST00000006205 l18 e 5 nr 17000000 chr ENSMUST00000070135 l18 e 5 nr 17500000 chr ENSMUST00000087265 l18 e 5 nr 18000000 chr ENSMUST00000166775 l18 e 5 nr 18500000 chr ENSMUST00000040915 l18 e 5 nr 19000000 chr ENSMUST00000099815 l18 e 5 nr 19500000 chr ENSMUST00000047315 l18 e 5 nr 20000000 chr ENSMUST00000116365 l18 e 5 nr 20500000 chr ENSMUST00000029355 l18 e 5 nr 21000000 chr ENSMUST00000037375 l18 e 5 nr 21500000 chr ENSMUST00000106105 l18 e 5 nr 22000000 chr ENSMUST00000062145 l18 e 5 nr 22500000 chr ENSMUST00000094955 l18 e 5 nr 23000000 chr ENSMUST00000056635 l18 e 5 nr 23500000 chr ENSMUST00000030895 l18 e 5 nr 24000000 chr ENSMUST00000062315 l18 e 5 nr 24500000 chr ENSMUST00000086645 l18 e 5 nr 25000000 chr ENSMUST00000086645 l18 e 5 nr 25500000 chr ENSMUST00000112435 l18 e 5 nr 26000000 chr ENSMUST00000135495 l18 e 5 nr 26500000 chr ENSMUST00000159145 l18 e 5 nr 27000000 chr ENSMUST00000165865 l18 e 5 nr 27500000 chr ENSMUST00000094805 l18 e 5 nr 28000000 chr ENSMUST00000064395 l18 e 5 nr 28500000 chr ENSMUST00000164095 l18 e 5 nr 29000000 chr ENSMUST00000106605 l18 e 5 nr 29500000 chr ENSMUST00000156305 l18 e 5 nr 30000000 chr ENSMUST00000005545 l18 e 5 nr 30500000 chr ENSMUST00000151855 l18 e 5 nr 31000000 chr ENSMUST00000002095 l18 e 5 nr 31500000 chr ENSMUST00000048685 l18 e 5 nr 32000000 chr ENSMUST00000061755 l18 e 5 nr 32500000 chr ENSMUST00000113275 l18 e 5 Done Creating Read Groups & Clusters...Done Sorting Groups...Done Generating Output...Done! I identified a total of 32740927 reads mapping to 11517143 Unique genomic coordinates Making up 81813 groups Consisting of 126662 clusters Running PARalyzer v1.1 Parsing bowtie file(s)...nr 500000 chr ENSMUST00000174266 l18 e 6 nr 1000000 chr ENSMUST00000133236 l18 e 6 nr 1500000 chr ENSMUST00000087186 l18 e 6 nr 2000000 chr ENSMUST00000037286 l18 e 6 nr 2500000 chr ENSMUST00000041776 l18 e 6 nr 3000000 chr ENSMUST00000015346 l18 e 6 nr 3500000 chr ENSMUST00000099866 l18 e 6 nr 4000000 chr ENSMUST00000105436 l18 e 6 nr 4500000 chr ENSMUST00000105436 l18 e 6 nr 5000000 chr ENSMUST00000061506 l18 e 6 nr 5500000 chr ENSMUST00000109656 l18 e 6 nr 6000000 chr ENSMUST00000160726 l18 e 6 nr 6500000 chr ENSMUST00000102756 l18 e 6 nr 7000000 chr ENSMUST00000102756 l18 e 6 nr 7500000 chr ENSMUST00000102756 l18 e 6 nr 8000000 chr ENSMUST00000102756 l18 e 6 nr 8500000 chr ENSMUST00000102756 l18 e 6 nr 9000000 chr ENSMUST00000102756 l18 e 6 nr 9500000 chr ENSMUST00000102756 l18 e 6 nr 10000000 chr ENSMUST00000102756 l18 e 6 nr 10500000 chr ENSMUST00000005336 l18 e 6 nr 11000000 chr ENSMUST00000058496 l18 e 6 nr 11500000 chr ENSMUST00000063156 l18 e 6 nr 12000000 chr ENSMUST00000042286 l18 e 6 nr 12500000 chr ENSMUST00000106296 l18 e 6 nr 13000000 chr ENSMUST00000061386 l18 e 6 nr 13500000 chr ENSMUST00000168186 l18 e 6 nr 14000000 chr ENSMUST00000040336 l18 e 6 nr 14500000 chr ENSMUST00000164816 l18 e 6 nr 15000000 chr ENSMUST00000022476 l18 e 6 nr 15500000 chr ENSMUST00000042046 l18 e 6 nr 16000000 chr ENSMUST00000078976 l18 e 6 nr 16500000 chr ENSMUST00000016696 l18 e 6 nr 17000000 chr ENSMUST00000023206 l18 e 6 nr 17500000 chr ENSMUST00000119746 l18 e 6 nr 18000000 chr ENSMUST00000115576 l18 e 6 nr 18500000 chr ENSMUST00000073556 l18 e 6 nr 19000000 chr ENSMUST00000058136 l18 e 6 nr 19500000 chr ENSMUST00000052366 l18 e 6 nr 20000000 chr ENSMUST00000053506 l18 e 6 nr 20500000 chr ENSMUST00000076856 l18 e 6 nr 21000000 chr ENSMUST00000154886 l18 e 6 nr 21500000 chr ENSMUST00000128936 l18 e 6 nr 22000000 chr ENSMUST00000111846 l18 e 6 nr 22500000 chr ENSMUST00000089926 l18 e 6 nr 23000000 chr ENSMUST00000109816 l18 e 6 nr 23500000 chr ENSMUST00000029116 l18 e 6 nr 24000000 chr ENSMUST00000169236 l18 e 6 nr 24500000 chr ENSMUST00000107236 l18 e 6 nr 25000000 chr ENSMUST00000071906 l18 e 6 nr 25500000 chr ENSMUST00000074216 l18 e 6 nr 26000000 chr ENSMUST00000082306 l18 e 6 nr 26500000 chr ENSMUST00000030606 l18 e 6 nr 27000000 chr ENSMUST00000167946 l18 e 6 nr 27500000 chr ENSMUST00000159786 l18 e 6 nr 28000000 chr ENSMUST00000112436 l18 e 6 nr 28500000 chr ENSMUST00000112096 l18 e 6 nr 29000000 chr ENSMUST00000031536 l18 e 6 nr 29500000 chr ENSMUST00000043676 l18 e 6 nr 30000000 chr ENSMUST00000100996 l18 e 6 nr 30500000 chr ENSMUST00000162116 l18 e 6 nr 31000000 chr ENSMUST00000098326 l18 e 6 nr 31500000 chr ENSMUST00000094026 l18 e 6 nr 32000000 chr ENSMUST00000165366 l18 e 6 nr 32500000 chr ENSMUST00000125716 l18 e 6 nr 33000000 chr ENSMUST00000118136 l18 e 6 nr 33500000 chr ENSMUST00000118136 l18 e 6 nr 34000000 chr ENSMUST00000118136 l18 e 6 nr 34500000 chr ENSMUST00000140466 l18 e 6 nr 35000000 chr ENSMUST00000114096 l18 e 6 nr 35500000 chr ENSMUST00000154356 l18 e 6 nr 36000000 chr ENSMUST00000033556 l18 e 6 Done Creating Read Groups & Clusters...Done Sorting Groups...Done Generating Output...Done! I identified a total of 36340925 reads mapping to 11629515 Unique genomic coordinates Making up 83640 groups Consisting of 129228 clusters Running PARalyzer v1.1 Parsing bowtie file(s)...nr 500000 chr ENSMUST00000050567 l18 e 7 nr 1000000 chr ENSMUST00000065587 l18 e 7 nr 1500000 chr ENSMUST00000018337 l18 e 7 nr 2000000 chr ENSMUST00000057037 l18 e 7 nr 2500000 chr ENSMUST00000019977 l18 e 7 nr 3000000 chr ENSMUST00000105417 l18 e 7 nr 3500000 chr ENSMUST00000144647 l18 e 7 nr 4000000 chr ENSMUST00000169817 l18 e 7 nr 4500000 chr ENSMUST00000045167 l18 e 7 nr 5000000 chr ENSMUST00000139337 l18 e 7 nr 5500000 chr ENSMUST00000108527 l18 e 7 nr 6000000 chr ENSMUST00000128717 l18 e 7 nr 6500000 chr ENSMUST00000092517 l18 e 7 nr 7000000 chr ENSMUST00000125167 l18 e 7 nr 7500000 chr ENSMUST00000044217 l18 e 7 nr 8000000 chr ENSMUST00000171827 l18 e 7 nr 8500000 chr ENSMUST00000021807 l18 e 7 nr 9000000 chr ENSMUST00000170347 l18 e 7 nr 9500000 chr ENSMUST00000164277 l18 e 7 nr 10000000 chr ENSMUST00000160787 l18 e 7 nr 10500000 chr ENSMUST00000096397 l18 e 7 nr 11000000 chr ENSMUST00000109127 l18 e 7 nr 11500000 chr ENSMUST00000096197 l18 e 7 nr 12000000 chr ENSMUST00000169157 l18 e 7 nr 12500000 chr ENSMUST00000160457 l18 e 7 nr 13000000 chr ENSMUST00000069507 l18 e 7 nr 13500000 chr ENSMUST00000168887 l18 e 7 nr 14000000 chr ENSMUST00000142977 l18 e 7 nr 14500000 chr ENSMUST00000025377 l18 e 7 nr 15000000 chr ENSMUST00000096317 l18 e 7 nr 15500000 chr ENSMUST00000165617 l18 e 7 nr 16000000 chr ENSMUST00000077517 l18 e 7 nr 16500000 chr ENSMUST00000113037 l18 e 7 nr 17000000 chr ENSMUST00000111147 l18 e 7 nr 17500000 chr ENSMUST00000110157 l18 e 7 nr 18000000 chr ENSMUST00000108917 l18 e 7 nr 18500000 chr ENSMUST00000078527 l18 e 7 nr 19000000 chr ENSMUST00000102637 l18 e 7 nr 19500000 chr ENSMUST00000054857 l18 e 7 nr 20000000 chr ENSMUST00000107247 l18 e 7 nr 20500000 chr ENSMUST00000107107 l18 e 7 nr 21000000 chr ENSMUST00000035667 l18 e 7 nr 21500000 chr ENSMUST00000088917 l18 e 7 nr 22000000 chr ENSMUST00000169847 l18 e 7 nr 22500000 chr ENSMUST00000051117 l18 e 7 nr 23000000 chr ENSMUST00000167837 l18 e 7 nr 23500000 chr ENSMUST00000115157 l18 e 7 nr 24000000 chr ENSMUST00000065997 l18 e 7 nr 24500000 chr ENSMUST00000032357 l18 e 7 nr 25000000 chr ENSMUST00000058667 l18 e 7 nr 25500000 chr ENSMUST00000026897 l18 e 7 nr 26000000 chr ENSMUST00000172457 l18 e 7 nr 26500000 chr ENSMUST00000033847 l18 e 7 nr 27000000 chr ENSMUST00000034377 l18 e 7 nr 27500000 chr ENSMUST00000115277 l18 e 7 nr 28000000 chr ENSMUST00000121227 l18 e 7 nr 28500000 chr ENSMUST00000051667 l18 e 7 nr 29000000 chr ENSMUST00000145887 l18 e 7 Done Creating Read Groups & Clusters...Done Sorting Groups...Done Generating Output...Done! I identified a total of 29406644 reads mapping to 11527967 Unique genomic coordinates Making up 82615 groups Consisting of 126892 clusters Running PARalyzer v1.1 Parsing bowtie file(s)...nr 500000 chr ENSMUST00000147758 l18 e 8 nr 1000000 chr ENSMUST00000027438 l18 e 8 nr 1500000 chr ENSMUST00000112068 l18 e 8 nr 2000000 chr ENSMUST00000161308 l18 e 8 nr 2500000 chr ENSMUST00000095758 l18 e 8 nr 3000000 chr ENSMUST00000116238 l18 e 8 nr 3500000 chr ENSMUST00000038558 l18 e 8 nr 4000000 chr ENSMUST00000020408 l18 e 8 nr 4500000 chr ENSMUST00000155278 l18 e 8 nr 5000000 chr ENSMUST00000081658 l18 e 8 nr 5500000 chr ENSMUST00000136328 l18 e 8 nr 6000000 chr ENSMUST00000061728 l18 e 8 nr 6500000 chr ENSMUST00000100378 l18 e 8 nr 7000000 chr ENSMUST00000026448 l18 e 8 nr 7500000 chr ENSMUST00000170218 l18 e 8 nr 8000000 chr ENSMUST00000038598 l18 e 8 nr 8500000 chr ENSMUST00000079828 l18 e 8 nr 9000000 chr ENSMUST00000161568 l18 e 8 nr 9500000 chr ENSMUST00000167058 l18 e 8 nr 10000000 chr ENSMUST00000022338 l18 e 8 nr 10500000 chr ENSMUST00000161008 l18 e 8 nr 11000000 chr ENSMUST00000160658 l18 e 8 nr 11500000 chr ENSMUST00000023048 l18 e 8 nr 12000000 chr ENSMUST00000023468 l18 e 8 nr 12500000 chr ENSMUST00000035608 l18 e 8 nr 13000000 chr ENSMUST00000114758 l18 e 8 nr 13500000 chr ENSMUST00000167418 l18 e 8 nr 14000000 chr ENSMUST00000077128 l18 e 8 nr 14500000 chr ENSMUST00000035548 l18 e 8 nr 15000000 chr ENSMUST00000168148 l18 e 8 nr 15500000 chr ENSMUST00000120778 l18 e 8 nr 16000000 chr ENSMUST00000028128 l18 e 8 nr 16500000 chr ENSMUST00000151298 l18 e 8 nr 17000000 chr ENSMUST00000066058 l18 e 8 nr 17500000 chr ENSMUST00000069098 l18 e 8 nr 18000000 chr ENSMUST00000108768 l18 e 8 nr 18500000 chr ENSMUST00000154148 l18 e 8 nr 19000000 chr ENSMUST00000090558 l18 e 8 nr 19500000 chr ENSMUST00000051558 l18 e 8 nr 20000000 chr ENSMUST00000056548 l18 e 8 nr 20500000 chr ENSMUST00000080178 l18 e 8 nr 21000000 chr ENSMUST00000097788 l18 e 8 nr 21500000 chr ENSMUST00000037618 l18 e 8 nr 22000000 chr ENSMUST00000112918 l18 e 8 nr 22500000 chr ENSMUST00000153238 l18 e 8 nr 23000000 chr ENSMUST00000132708 l18 e 8 nr 23500000 chr ENSMUST00000041558 l18 e 8 nr 24000000 chr ENSMUST00000171068 l18 e 8 nr 24500000 chr ENSMUST00000037048 l18 e 8 nr 25000000 chr ENSMUST00000067888 l18 e 8 nr 25500000 chr ENSMUST00000005108 l18 e 8 nr 26000000 chr ENSMUST00000080718 l18 e 8 nr 26500000 chr ENSMUST00000012798 l18 e 8 nr 27000000 chr ENSMUST00000166568 l18 e 8 nr 27500000 chr ENSMUST00000026558 l18 e 8 nr 28000000 chr ENSMUST00000062978 l18 e 8 nr 28500000 chr ENSMUST00000167688 l18 e 8 nr 29000000 chr ENSMUST00000108938 l18 e 8 nr 29500000 chr ENSMUST00000108938 l18 e 8 nr 30000000 chr ENSMUST00000108938 l18 e 8 nr 30500000 chr ENSMUST00000108938 l18 e 8 nr 31000000 chr ENSMUST00000130368 l18 e 8 nr 31500000 chr ENSMUST00000035058 l18 e 8 nr 32000000 chr ENSMUST00000101388 l18 e 8 Done Creating Read Groups & Clusters...Done Sorting Groups...Done Generating Output...Done! I identified a total of 32452441 reads mapping to 11214548 Unique genomic coordinates Making up 81362 groups Consisting of 123518 clusters Running PARalyzer v1.1 Parsing bowtie file(s)...nr 500000 chr ENSMUST00000168679 l18 e 9 nr 1000000 chr ENSMUST00000113699 l18 e 9 nr 1500000 chr ENSMUST00000094609 l18 e 9 nr 2000000 chr ENSMUST00000048309 l18 e 9 nr 2500000 chr ENSMUST00000048309 l18 e 9 nr 3000000 chr ENSMUST00000027979 l18 e 9 nr 3500000 chr ENSMUST00000075329 l18 e 9 nr 4000000 chr ENSMUST00000075329 l18 e 9 nr 4500000 chr ENSMUST00000075329 l18 e 9 nr 5000000 chr ENSMUST00000075329 l18 e 9 nr 5500000 chr ENSMUST00000075329 l18 e 9 nr 6000000 chr ENSMUST00000075329 l18 e 9 nr 6500000 chr ENSMUST00000075329 l18 e 9 nr 7000000 chr ENSMUST00000110899 l18 e 9 nr 7500000 chr ENSMUST00000081139 l18 e 9 nr 8000000 chr ENSMUST00000105359 l18 e 9 nr 8500000 chr ENSMUST00000048099 l18 e 9 nr 9000000 chr ENSMUST00000077659 l18 e 9 nr 9500000 chr ENSMUST00000020649 l18 e 9 nr 10000000 chr ENSMUST00000020649 l18 e 9 nr 10500000 chr ENSMUST00000020649 l18 e 9 nr 11000000 chr ENSMUST00000020649 l18 e 9 nr 11500000 chr ENSMUST00000020649 l18 e 9 nr 12000000 chr ENSMUST00000020649 l18 e 9 nr 12500000 chr ENSMUST00000020649 l18 e 9 nr 13000000 chr ENSMUST00000020649 l18 e 9 nr 13500000 chr ENSMUST00000035539 l18 e 9 nr 14000000 chr ENSMUST00000103209 l18 e 9 nr 14500000 chr ENSMUST00000107909 l18 e 9 nr 15000000 chr ENSMUST00000100369 l18 e 9 nr 15500000 chr ENSMUST00000105169 l18 e 9 nr 16000000 chr ENSMUST00000150639 l18 e 9 nr 16500000 chr ENSMUST00000095439 l18 e 9 nr 17000000 chr ENSMUST00000110469 l18 e 9 nr 17500000 chr ENSMUST00000045909 l18 e 9 nr 18000000 chr ENSMUST00000100719 l18 e 9 nr 18500000 chr ENSMUST00000022579 l18 e 9 nr 19000000 chr ENSMUST00000054449 l18 e 9 nr 19500000 chr ENSMUST00000082439 l18 e 9 nr 20000000 chr ENSMUST00000058749 l18 e 9 nr 20500000 chr ENSMUST00000090399 l18 e 9 nr 21000000 chr ENSMUST00000089499 l18 e 9 nr 21500000 chr ENSMUST00000097399 l18 e 9 nr 22000000 chr ENSMUST00000173869 l18 e 9 nr 22500000 chr ENSMUST00000024869 l18 e 9 nr 23000000 chr ENSMUST00000155329 l18 e 9 nr 23500000 chr ENSMUST00000061279 l18 e 9 nr 24000000 chr ENSMUST00000056129 l18 e 9 nr 24500000 chr ENSMUST00000096029 l18 e 9 nr 25000000 chr ENSMUST00000134259 l18 e 9 nr 25500000 chr ENSMUST00000102789 l18 e 9 nr 26000000 chr ENSMUST00000138719 l18 e 9 nr 26500000 chr ENSMUST00000081349 l18 e 9 nr 27000000 chr ENSMUST00000000369 l18 e 9 nr 27500000 chr ENSMUST00000099249 l18 e 9 nr 28000000 chr ENSMUST00000039419 l18 e 9 nr 28500000 chr ENSMUST00000107209 l18 e 9 nr 29000000 chr ENSMUST00000029499 l18 e 9 nr 29500000 chr ENSMUST00000159899 l18 e 9 nr 30000000 chr ENSMUST00000051409 l18 e 9 nr 30500000 chr ENSMUST00000107349 l18 e 9 nr 31000000 chr ENSMUST00000074829 l18 e 9 nr 31500000 chr ENSMUST00000044039 l18 e 9 nr 32000000 chr ENSMUST00000113449 l18 e 9 nr 32500000 chr ENSMUST00000132179 l18 e 9 nr 33000000 chr ENSMUST00000111939 l18 e 9 nr 33500000 chr ENSMUST00000068259 l18 e 9 nr 34000000 chr ENSMUST00000113169 l18 e 9 nr 34500000 chr ENSMUST00000119989 l18 e 9 nr 35000000 chr ENSMUST00000107649 l18 e 9 nr 35500000 chr ENSMUST00000077249 l18 e 9 nr 36000000 chr ENSMUST00000164049 l18 e 9 nr 36500000 chr ENSMUST00000093529 l18 e 9 nr 37000000 chr ENSMUST00000132229 l18 e 9 nr 37500000 chr ENSMUST00000034279 l18 e 9 nr 38000000 chr ENSMUST00000034279 l18 e 9 nr 38500000 chr ENSMUST00000034279 l18 e 9 nr 39000000 chr ENSMUST00000034279 l18 e 9 nr 39500000 chr ENSMUST00000159569 l18 e 9 nr 40000000 chr ENSMUST00000034739 l18 e 9 nr 40500000 chr ENSMUST00000128319 l18 e 9 nr 41000000 chr ENSMUST00000163399 l18 e 9 nr 41500000 chr ENSMUST00000058979 l18 e 9 Done Creating Read Groups & Clusters...Done Sorting Groups...Done Generating Output...Done! I identified a total of 41509407 reads mapping to 11548702 Unique genomic coordinates Making up 81911 groups Consisting of 127365 clusters