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I identified a total of 13393992 reads mapping to 5194022 Unique genomic coordinates Making up 128392 groups Consisting of 52536 clusters Running PARalyzer v1.1 Parsing bowtie file(s)...nr 500000 chr ENSMUST00000064771 l18 e 1 nr 1000000 chr ENSMUST00000056571 l18 e 1 nr 1500000 chr ENSMUST00000170771 l18 e 1 nr 2000000 chr ENSMUST00000099661 l18 e 1 nr 2500000 chr ENSMUST00000020321 l18 e 1 nr 3000000 chr ENSMUST00000065211 l18 e 1 nr 3500000 chr ENSMUST00000157061 l18 e 1 nr 4000000 chr ENSMUST00000021681 l18 e 1 nr 4500000 chr ENSMUST00000160021 l18 e 1 nr 5000000 chr ENSMUST00000022531 l18 e 1 nr 5500000 chr ENSMUST00000080141 l18 e 1 nr 6000000 chr ENSMUST00000115711 l18 e 1 nr 6500000 chr ENSMUST00000087861 l18 e 1 nr 7000000 chr ENSMUST00000115781 l18 e 1 nr 7500000 chr ENSMUST00000163821 l18 e 1 nr 8000000 chr ENSMUST00000057481 l18 e 1 nr 8500000 chr ENSMUST00000125051 l18 e 1 nr 9000000 chr ENSMUST00000107401 l18 e 1 nr 9500000 chr ENSMUST00000084471 l18 e 1 nr 10000000 chr ENSMUST00000059401 l18 e 1 nr 10500000 chr ENSMUST00000154181 l18 e 1 nr 11000000 chr ENSMUST00000112541 l18 e 1 nr 11500000 chr ENSMUST00000098451 l18 e 1 nr 12000000 chr ENSMUST00000026021 l18 e 1 nr 12500000 chr ENSMUST00000044711 l18 e 1 nr 13000000 chr ENSMUST00000120971 l18 e 1 Done Creating Read Groups & Clusters...Done Sorting Groups...Done Generating Output...Done! 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I identified a total of 12532477 reads mapping to 5250730 Unique genomic coordinates Making up 128808 groups Consisting of 52669 clusters Running PARalyzer v1.1 Parsing bowtie file(s)...nr 500000 chr ENSMUST00000131175 l18 e 5 nr 1000000 chr ENSMUST00000139175 l18 e 5 nr 1500000 chr ENSMUST00000118205 l18 e 5 nr 2000000 chr ENSMUST00000094135 l18 e 5 nr 2500000 chr ENSMUST00000017435 l18 e 5 nr 3000000 chr ENSMUST00000106865 l18 e 5 nr 3500000 chr ENSMUST00000085245 l18 e 5 nr 4000000 chr ENSMUST00000080755 l18 e 5 nr 4500000 chr ENSMUST00000049005 l18 e 5 nr 5000000 chr ENSMUST00000110305 l18 e 5 nr 5500000 chr ENSMUST00000115165 l18 e 5 nr 6000000 chr ENSMUST00000169805 l18 e 5 nr 6500000 chr ENSMUST00000039205 l18 e 5 nr 7000000 chr ENSMUST00000045105 l18 e 5 nr 7500000 chr ENSMUST00000100225 l18 e 5 nr 8000000 chr ENSMUST00000056435 l18 e 5 nr 8500000 chr ENSMUST00000071585 l18 e 5 nr 9000000 chr ENSMUST00000053065 l18 e 5 nr 9500000 chr ENSMUST00000072695 l18 e 5 nr 10000000 chr ENSMUST00000084115 l18 e 5 nr 10500000 chr ENSMUST00000086645 l18 e 5 nr 11000000 chr ENSMUST00000112435 l18 e 5 nr 11500000 chr ENSMUST00000043815 l18 e 5 nr 12000000 chr ENSMUST00000120595 l18 e 5 nr 12500000 chr ENSMUST00000121715 l18 e 5 nr 13000000 chr ENSMUST00000034175 l18 e 5 nr 13500000 chr ENSMUST00000040025 l18 e 5 nr 14000000 chr ENSMUST00000039545 l18 e 5 Done Creating Read Groups & Clusters...Done Sorting Groups...Done Generating Output...Done! 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I identified a total of 12668599 reads mapping to 5227070 Unique genomic coordinates Making up 129658 groups Consisting of 52840 clusters Running PARalyzer v1.1 Parsing bowtie file(s)...nr 500000 chr ENSMUST00000061047 l18 e 7 nr 1000000 chr ENSMUST00000159917 l18 e 7 nr 1500000 chr ENSMUST00000005057 l18 e 7 nr 2000000 chr ENSMUST00000101427 l18 e 7 nr 2500000 chr ENSMUST00000018877 l18 e 7 nr 3000000 chr ENSMUST00000093907 l18 e 7 nr 3500000 chr ENSMUST00000109727 l18 e 7 nr 4000000 chr ENSMUST00000100777 l18 e 7 nr 4500000 chr ENSMUST00000023007 l18 e 7 nr 5000000 chr ENSMUST00000023497 l18 e 7 nr 5500000 chr ENSMUST00000164847 l18 e 7 nr 6000000 chr ENSMUST00000142977 l18 e 7 nr 6500000 chr ENSMUST00000075767 l18 e 7 nr 7000000 chr ENSMUST00000117237 l18 e 7 nr 7500000 chr ENSMUST00000108917 l18 e 7 nr 8000000 chr ENSMUST00000139137 l18 e 7 nr 8500000 chr ENSMUST00000107107 l18 e 7 nr 9000000 chr ENSMUST00000171287 l18 e 7 nr 9500000 chr ENSMUST00000117407 l18 e 7 nr 10000000 chr ENSMUST00000159067 l18 e 7 nr 10500000 chr ENSMUST00000032207 l18 e 7 nr 11000000 chr ENSMUST00000032827 l18 e 7 nr 11500000 chr ENSMUST00000131237 l18 e 7 nr 12000000 chr ENSMUST00000121227 l18 e 7 nr 12500000 chr ENSMUST00000145887 l18 e 7 Done Creating Read Groups & Clusters...Done Sorting Groups...Done Generating Output...Done! I identified a total of 12619718 reads mapping to 5195599 Unique genomic coordinates Making up 128351 groups Consisting of 52360 clusters Running PARalyzer v1.1 Parsing bowtie file(s)...nr 500000 chr ENSMUST00000058748 l18 e 8 nr 1000000 chr ENSMUST00000045288 l18 e 8 nr 1500000 chr ENSMUST00000054418 l18 e 8 nr 2000000 chr ENSMUST00000035288 l18 e 8 nr 2500000 chr ENSMUST00000166868 l18 e 8 nr 3000000 chr ENSMUST00000169118 l18 e 8 nr 3500000 chr ENSMUST00000021378 l18 e 8 nr 4000000 chr ENSMUST00000109808 l18 e 8 nr 4500000 chr ENSMUST00000022548 l18 e 8 nr 5000000 chr ENSMUST00000073428 l18 e 8 nr 5500000 chr ENSMUST00000114358 l18 e 8 nr 6000000 chr ENSMUST00000051258 l18 e 8 nr 6500000 chr ENSMUST00000076968 l18 e 8 nr 7000000 chr ENSMUST00000102768 l18 e 8 nr 7500000 chr ENSMUST00000109478 l18 e 8 nr 8000000 chr ENSMUST00000167008 l18 e 8 nr 8500000 chr ENSMUST00000102848 l18 e 8 nr 9000000 chr ENSMUST00000154208 l18 e 8 nr 9500000 chr ENSMUST00000174598 l18 e 8 nr 10000000 chr ENSMUST00000031538 l18 e 8 nr 10500000 chr ENSMUST00000113658 l18 e 8 nr 11000000 chr ENSMUST00000164538 l18 e 8 nr 11500000 chr ENSMUST00000056508 l18 e 8 nr 12000000 chr ENSMUST00000098868 l18 e 8 nr 12500000 chr ENSMUST00000113628 l18 e 8 Done Creating Read Groups & Clusters...Done Sorting Groups...Done Generating Output...Done! I identified a total of 12705060 reads mapping to 5080365 Unique genomic coordinates Making up 125679 groups Consisting of 50863 clusters Running PARalyzer v1.1 Parsing bowtie file(s)...nr 500000 chr ENSMUST00000086819 l18 e 9 nr 1000000 chr ENSMUST00000048309 l18 e 9 nr 1500000 chr ENSMUST00000052629 l18 e 9 nr 2000000 chr ENSMUST00000045529 l18 e 9 nr 2500000 chr ENSMUST00000109599 l18 e 9 nr 3000000 chr ENSMUST00000048719 l18 e 9 nr 3500000 chr ENSMUST00000020899 l18 e 9 nr 4000000 chr ENSMUST00000101029 l18 e 9 nr 4500000 chr ENSMUST00000167559 l18 e 9 nr 5000000 chr ENSMUST00000054449 l18 e 9 nr 5500000 chr ENSMUST00000033479 l18 e 9 nr 6000000 chr ENSMUST00000173869 l18 e 9 nr 6500000 chr ENSMUST00000078079 l18 e 9 nr 7000000 chr ENSMUST00000081619 l18 e 9 nr 7500000 chr ENSMUST00000102689 l18 e 9 nr 8000000 chr ENSMUST00000103129 l18 e 9 nr 8500000 chr ENSMUST00000064759 l18 e 9 nr 9000000 chr ENSMUST00000107349 l18 e 9 nr 9500000 chr ENSMUST00000163409 l18 e 9 nr 10000000 chr ENSMUST00000038699 l18 e 9 nr 10500000 chr ENSMUST00000090689 l18 e 9 nr 11000000 chr ENSMUST00000032899 l18 e 9 nr 11500000 chr ENSMUST00000116429 l18 e 9 nr 12000000 chr ENSMUST00000047799 l18 e 9 nr 12500000 chr ENSMUST00000058119 l18 e 9 Done Creating Read Groups & Clusters...Done Sorting Groups...Done Generating Output...Done! I identified a total of 12574407 reads mapping to 5201328 Unique genomic coordinates Making up 128092 groups Consisting of 52027 clusters