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I identified a total of 9215839 reads mapping to 3828236 Unique genomic coordinates Making up 106157 groups Consisting of 52104 clusters Running PARalyzer v1.1 Parsing bowtie file(s)...nr 500000 chr ENSMUST00000111411 l18 e 1 nr 1000000 chr ENSMUST00000116261 l18 e 1 nr 1500000 chr ENSMUST00000170771 l18 e 1 nr 2000000 chr ENSMUST00000128311 l18 e 1 nr 2500000 chr ENSMUST00000108241 l18 e 1 nr 3000000 chr ENSMUST00000101551 l18 e 1 nr 3500000 chr ENSMUST00000109401 l18 e 1 nr 4000000 chr ENSMUST00000068861 l18 e 1 nr 4500000 chr ENSMUST00000115791 l18 e 1 nr 5000000 chr ENSMUST00000024881 l18 e 1 nr 5500000 chr ENSMUST00000153641 l18 e 1 nr 6000000 chr ENSMUST00000088291 l18 e 1 nr 6500000 chr ENSMUST00000107851 l18 e 1 nr 7000000 chr ENSMUST00000105901 l18 e 1 nr 7500000 chr ENSMUST00000141101 l18 e 1 nr 8000000 chr ENSMUST00000071671 l18 e 1 nr 8500000 chr ENSMUST00000037681 l18 e 1 nr 9000000 chr ENSMUST00000034621 l18 e 1 Done Creating Read Groups & Clusters...Done Sorting Groups...Done Generating Output...Done! I identified a total of 9448861 reads mapping to 3838144 Unique genomic coordinates Making up 105782 groups Consisting of 51464 clusters Running PARalyzer v1.1 Parsing bowtie file(s)...nr 500000 chr ENSMUST00000165172 l18 e 2 nr 1000000 chr ENSMUST00000061632 l18 e 2 nr 1500000 chr ENSMUST00000108872 l18 e 2 nr 2000000 chr ENSMUST00000060792 l18 e 2 nr 2500000 chr ENSMUST00000038422 l18 e 2 nr 3000000 chr ENSMUST00000043112 l18 e 2 nr 3500000 chr ENSMUST00000023362 l18 e 2 nr 4000000 chr ENSMUST00000114242 l18 e 2 nr 4500000 chr ENSMUST00000025912 l18 e 2 nr 5000000 chr ENSMUST00000102732 l18 e 2 nr 5500000 chr ENSMUST00000057272 l18 e 2 nr 6000000 chr ENSMUST00000097912 l18 e 2 nr 6500000 chr ENSMUST00000136882 l18 e 2 nr 7000000 chr ENSMUST00000153372 l18 e 2 nr 7500000 chr ENSMUST00000171622 l18 e 2 nr 8000000 chr ENSMUST00000155672 l18 e 2 nr 8500000 chr ENSMUST00000084512 l18 e 2 nr 9000000 chr ENSMUST00000174192 l18 e 2 nr 9500000 chr ENSMUST00000056502 l18 e 2 Done Creating Read Groups & Clusters...Done Sorting Groups...Done Generating Output...Done! I identified a total of 9596001 reads mapping to 3800746 Unique genomic coordinates Making up 104999 groups Consisting of 50957 clusters Running PARalyzer v1.1 Parsing bowtie file(s)...nr 500000 chr ENSMUST00000065673 l18 e 3 nr 1000000 chr ENSMUST00000123993 l18 e 3 nr 1500000 chr ENSMUST00000173923 l18 e 3 nr 2000000 chr ENSMUST00000100663 l18 e 3 nr 2500000 chr ENSMUST00000002073 l18 e 3 nr 3000000 chr ENSMUST00000160223 l18 e 3 nr 3500000 chr ENSMUST00000120683 l18 e 3 nr 4000000 chr ENSMUST00000038373 l18 e 3 nr 4500000 chr ENSMUST00000054083 l18 e 3 nr 5000000 chr ENSMUST00000028403 l18 e 3 nr 5500000 chr ENSMUST00000090973 l18 e 3 nr 6000000 chr ENSMUST00000055013 l18 e 3 nr 6500000 chr ENSMUST00000062153 l18 e 3 nr 7000000 chr ENSMUST00000167323 l18 e 3 nr 7500000 chr ENSMUST00000026093 l18 e 3 nr 8000000 chr ENSMUST00000166213 l18 e 3 Done Creating Read Groups & Clusters...Done Sorting Groups...Done Generating Output...Done! 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I identified a total of 9368272 reads mapping to 3857015 Unique genomic coordinates Making up 106107 groups Consisting of 51897 clusters Running PARalyzer v1.1 Parsing bowtie file(s)...nr 500000 chr ENSMUST00000139986 l18 e 6 nr 1000000 chr ENSMUST00000035606 l18 e 6 nr 1500000 chr ENSMUST00000026406 l18 e 6 nr 2000000 chr ENSMUST00000026406 l18 e 6 nr 2500000 chr ENSMUST00000109856 l18 e 6 nr 3000000 chr ENSMUST00000107156 l18 e 6 nr 3500000 chr ENSMUST00000091706 l18 e 6 nr 4000000 chr ENSMUST00000173456 l18 e 6 nr 4500000 chr ENSMUST00000161976 l18 e 6 nr 5000000 chr ENSMUST00000144216 l18 e 6 nr 5500000 chr ENSMUST00000144236 l18 e 6 nr 6000000 chr ENSMUST00000087176 l18 e 6 nr 6500000 chr ENSMUST00000099576 l18 e 6 nr 7000000 chr ENSMUST00000098876 l18 e 6 nr 7500000 chr ENSMUST00000107846 l18 e 6 nr 8000000 chr ENSMUST00000046846 l18 e 6 nr 8500000 chr ENSMUST00000031106 l18 e 6 nr 9000000 chr ENSMUST00000119706 l18 e 6 nr 9500000 chr ENSMUST00000038876 l18 e 6 nr 10000000 chr ENSMUST00000063596 l18 e 6 nr 10500000 chr ENSMUST00000151996 l18 e 6 Done Creating Read Groups & Clusters...Done Sorting Groups...Done Generating Output...Done! 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I identified a total of 9276254 reads mapping to 3874408 Unique genomic coordinates Making up 106926 groups Consisting of 51788 clusters Running PARalyzer v1.1 Parsing bowtie file(s)...nr 500000 chr ENSMUST00000111518 l18 e 8 nr 1000000 chr ENSMUST00000105548 l18 e 8 nr 1500000 chr ENSMUST00000041438 l18 e 8 nr 2000000 chr ENSMUST00000040448 l18 e 8 nr 2500000 chr ENSMUST00000001008 l18 e 8 nr 3000000 chr ENSMUST00000021558 l18 e 8 nr 3500000 chr ENSMUST00000160298 l18 e 8 nr 4000000 chr ENSMUST00000060808 l18 e 8 nr 4500000 chr ENSMUST00000113038 l18 e 8 nr 5000000 chr ENSMUST00000027978 l18 e 8 nr 5500000 chr ENSMUST00000069098 l18 e 8 nr 6000000 chr ENSMUST00000029968 l18 e 8 nr 6500000 chr ENSMUST00000136398 l18 e 8 nr 7000000 chr ENSMUST00000111188 l18 e 8 nr 7500000 chr ENSMUST00000043148 l18 e 8 nr 8000000 chr ENSMUST00000085818 l18 e 8 nr 8500000 chr ENSMUST00000144258 l18 e 8 nr 9000000 chr ENSMUST00000115058 l18 e 8 Done Creating Read Groups & Clusters...Done Sorting Groups...Done Generating Output...Done! 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I identified a total of 10375377 reads mapping to 3885488 Unique genomic coordinates Making up 106959 groups Consisting of 52284 clusters