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I identified a total of 11989589 reads mapping to 4014561 Unique genomic coordinates Making up 108584 groups Consisting of 54718 clusters Running PARalyzer v1.1 Parsing bowtie file(s)...nr 500000 chr ENSMUST00000044581 l18 e 1 nr 1000000 chr ENSMUST00000056571 l18 e 1 nr 1500000 chr ENSMUST00000170771 l18 e 1 nr 2000000 chr ENSMUST00000170771 l18 e 1 nr 2500000 chr ENSMUST00000162041 l18 e 1 nr 3000000 chr ENSMUST00000163611 l18 e 1 nr 3500000 chr ENSMUST00000021221 l18 e 1 nr 4000000 chr ENSMUST00000119211 l18 e 1 nr 4500000 chr ENSMUST00000055341 l18 e 1 nr 5000000 chr ENSMUST00000150481 l18 e 1 nr 5500000 chr ENSMUST00000169721 l18 e 1 nr 6000000 chr ENSMUST00000087721 l18 e 1 nr 6500000 chr ENSMUST00000025681 l18 e 1 nr 7000000 chr ENSMUST00000099981 l18 e 1 nr 7500000 chr ENSMUST00000035751 l18 e 1 nr 8000000 chr ENSMUST00000165091 l18 e 1 nr 8500000 chr ENSMUST00000055131 l18 e 1 nr 9000000 chr ENSMUST00000053271 l18 e 1 nr 9500000 chr ENSMUST00000042081 l18 e 1 nr 10000000 chr ENSMUST00000149011 l18 e 1 nr 10500000 chr ENSMUST00000084031 l18 e 1 nr 11000000 chr ENSMUST00000049031 l18 e 1 Done Creating Read Groups & Clusters...Done Sorting Groups...Done Generating Output...Done! I identified a total of 11491426 reads mapping to 3996655 Unique genomic coordinates Making up 107736 groups Consisting of 53776 clusters Running PARalyzer v1.1 Parsing bowtie file(s)...nr 500000 chr ENSMUST00000058762 l18 e 2 nr 1000000 chr ENSMUST00000110992 l18 e 2 nr 1500000 chr ENSMUST00000045102 l18 e 2 nr 2000000 chr ENSMUST00000037682 l18 e 2 nr 2500000 chr ENSMUST00000124072 l18 e 2 nr 3000000 chr ENSMUST00000048402 l18 e 2 nr 3500000 chr ENSMUST00000159292 l18 e 2 nr 4000000 chr ENSMUST00000023722 l18 e 2 nr 4500000 chr ENSMUST00000155692 l18 e 2 nr 5000000 chr ENSMUST00000115692 l18 e 2 nr 5500000 chr ENSMUST00000152362 l18 e 2 nr 6000000 chr ENSMUST00000090682 l18 e 2 nr 6500000 chr ENSMUST00000049792 l18 e 2 nr 7000000 chr ENSMUST00000029652 l18 e 2 nr 7500000 chr ENSMUST00000050872 l18 e 2 nr 8000000 chr ENSMUST00000075812 l18 e 2 nr 8500000 chr ENSMUST00000031732 l18 e 2 nr 9000000 chr ENSMUST00000170412 l18 e 2 nr 9500000 chr ENSMUST00000032992 l18 e 2 nr 10000000 chr ENSMUST00000098362 l18 e 2 nr 10500000 chr ENSMUST00000044382 l18 e 2 Done Creating Read Groups & Clusters...Done Sorting Groups...Done Generating Output...Done! 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I identified a total of 13255981 reads mapping to 3906077 Unique genomic coordinates Making up 105189 groups Consisting of 52563 clusters Running PARalyzer v1.1 Parsing bowtie file(s)...nr 500000 chr ENSMUST00000168674 l18 e 4 nr 1000000 chr ENSMUST00000037964 l18 e 4 nr 1500000 chr ENSMUST00000109594 l18 e 4 nr 2000000 chr ENSMUST00000172234 l18 e 4 nr 2500000 chr ENSMUST00000111154 l18 e 4 nr 3000000 chr ENSMUST00000021944 l18 e 4 nr 3500000 chr ENSMUST00000173954 l18 e 4 nr 4000000 chr ENSMUST00000064924 l18 e 4 nr 4500000 chr ENSMUST00000069854 l18 e 4 nr 5000000 chr ENSMUST00000166784 l18 e 4 nr 5500000 chr ENSMUST00000113124 l18 e 4 nr 6000000 chr ENSMUST00000103214 l18 e 4 nr 6500000 chr ENSMUST00000029414 l18 e 4 nr 7000000 chr ENSMUST00000048274 l18 e 4 nr 7500000 chr ENSMUST00000105594 l18 e 4 nr 8000000 chr ENSMUST00000079624 l18 e 4 nr 8500000 chr ENSMUST00000001984 l18 e 4 nr 9000000 chr ENSMUST00000040514 l18 e 4 nr 9500000 chr ENSMUST00000076504 l18 e 4 nr 10000000 chr ENSMUST00000002084 l18 e 4 nr 10500000 chr ENSMUST00000113364 l18 e 4 Done Creating Read Groups & Clusters...Done Sorting Groups...Done Generating Output...Done! 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I identified a total of 12755989 reads mapping to 4014640 Unique genomic coordinates Making up 108319 groups Consisting of 54038 clusters Running PARalyzer v1.1 Parsing bowtie file(s)...nr 500000 chr ENSMUST00000042446 l18 e 6 nr 1000000 chr ENSMUST00000000266 l18 e 6 nr 1500000 chr ENSMUST00000166696 l18 e 6 nr 2000000 chr ENSMUST00000160726 l18 e 6 nr 2500000 chr ENSMUST00000006286 l18 e 6 nr 3000000 chr ENSMUST00000107626 l18 e 6 nr 3500000 chr ENSMUST00000021396 l18 e 6 nr 4000000 chr ENSMUST00000118756 l18 e 6 nr 4500000 chr ENSMUST00000159216 l18 e 6 nr 5000000 chr ENSMUST00000075806 l18 e 6 nr 5500000 chr ENSMUST00000025036 l18 e 6 nr 6000000 chr ENSMUST00000099776 l18 e 6 nr 6500000 chr ENSMUST00000111846 l18 e 6 nr 7000000 chr ENSMUST00000108856 l18 e 6 nr 7500000 chr ENSMUST00000108246 l18 e 6 nr 8000000 chr ENSMUST00000043616 l18 e 6 nr 8500000 chr ENSMUST00000080036 l18 e 6 nr 9000000 chr ENSMUST00000112436 l18 e 6 nr 9500000 chr ENSMUST00000086056 l18 e 6 nr 10000000 chr ENSMUST00000094816 l18 e 6 nr 10500000 chr ENSMUST00000066166 l18 e 6 nr 11000000 chr ENSMUST00000069896 l18 e 6 Done Creating Read Groups & Clusters...Done Sorting Groups...Done Generating Output...Done! I identified a total of 11377969 reads mapping to 4039400 Unique genomic coordinates Making up 109657 groups Consisting of 54728 clusters Running PARalyzer v1.1 Parsing bowtie file(s)...nr 500000 chr ENSMUST00000137197 l18 e 7 nr 1000000 chr ENSMUST00000105417 l18 e 7 nr 1500000 chr ENSMUST00000064107 l18 e 7 nr 2000000 chr ENSMUST00000021207 l18 e 7 nr 2500000 chr ENSMUST00000026137 l18 e 7 nr 3000000 chr ENSMUST00000021857 l18 e 7 nr 3500000 chr ENSMUST00000022577 l18 e 7 nr 4000000 chr ENSMUST00000066127 l18 e 7 nr 4500000 chr ENSMUST00000168507 l18 e 7 nr 5000000 chr ENSMUST00000113537 l18 e 7 nr 5500000 chr ENSMUST00000102787 l18 e 7 nr 6000000 chr ENSMUST00000103047 l18 e 7 nr 6500000 chr ENSMUST00000166157 l18 e 7 nr 7000000 chr ENSMUST00000107107 l18 e 7 nr 7500000 chr ENSMUST00000105877 l18 e 7 nr 8000000 chr ENSMUST00000002837 l18 e 7 nr 8500000 chr ENSMUST00000137437 l18 e 7 nr 9000000 chr ENSMUST00000107907 l18 e 7 nr 9500000 chr ENSMUST00000131237 l18 e 7 nr 10000000 chr ENSMUST00000121227 l18 e 7 nr 10500000 chr ENSMUST00000055497 l18 e 7 Done Creating Read Groups & Clusters...Done Sorting Groups...Done Generating Output...Done! 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I identified a total of 10983299 reads mapping to 3927120 Unique genomic coordinates Making up 106452 groups Consisting of 52681 clusters Running PARalyzer v1.1 Parsing bowtie file(s)...nr 500000 chr ENSMUST00000027559 l18 e 9 nr 1000000 chr ENSMUST00000048309 l18 e 9 nr 1500000 chr ENSMUST00000161609 l18 e 9 nr 2000000 chr ENSMUST00000049339 l18 e 9 nr 2500000 chr ENSMUST00000125749 l18 e 9 nr 3000000 chr ENSMUST00000079589 l18 e 9 nr 3500000 chr ENSMUST00000077999 l18 e 9 nr 4000000 chr ENSMUST00000022349 l18 e 9 nr 4500000 chr ENSMUST00000137649 l18 e 9 nr 5000000 chr ENSMUST00000052089 l18 e 9 nr 5500000 chr ENSMUST00000112829 l18 e 9 nr 6000000 chr ENSMUST00000073899 l18 e 9 nr 6500000 chr ENSMUST00000028279 l18 e 9 nr 7000000 chr ENSMUST00000110079 l18 e 9 nr 7500000 chr ENSMUST00000029569 l18 e 9 nr 8000000 chr ENSMUST00000107349 l18 e 9 nr 8500000 chr ENSMUST00000154169 l18 e 9 nr 9000000 chr ENSMUST00000123159 l18 e 9 nr 9500000 chr ENSMUST00000038359 l18 e 9 nr 10000000 chr ENSMUST00000065169 l18 e 9 nr 10500000 chr ENSMUST00000073109 l18 e 9 nr 11000000 chr ENSMUST00000050239 l18 e 9 Done Creating Read Groups & Clusters...Done Sorting Groups...Done Generating Output...Done! I identified a total of 11075129 reads mapping to 4018812 Unique genomic coordinates Making up 108629 groups Consisting of 53983 clusters